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「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存を図ることにより、生物の多様性を確保するとともに、良好な自然環境を保全し、もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に寄与することを目的」（第1条）とした法律で、正称は「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」（平成4年法律第75号）。1992年（平成4）6月に制定、1993年4月に施行された。
種の保存法に基づいて指定される希少野生動植物種には以下のものがある。
(1)国内希少野生動植物種：国内に生息・生育する絶滅のおそれのある野生動植物種の個体等（生きている個体のほか、死体やその加工品〈剥製や標本など〉、一部の種については卵・種子・器官〈個体の一部。毛、皮、つめ、牙など〉やその加工品を含む）の捕獲・採取、殺傷・損傷、譲渡（ゆずりわた）し等（あげる、売る、貸す、もらう、買う、借りる）、販売・頒布（不特定多数に配布すること）目的の陳列・広告、輸出入が原則として禁止。種の保存のために生息・生育地を保存する必要があると認められる場合は「生息地等保護区」（監視地区、管理地区、立入制限地区の区域指定が可能）が指定される。また、個体数の維持・回復を図るために個体の繁殖の促進、生息地等の整備等が必要な種を対象として「保護増殖事業計画」が策定され、事業が実施される。
国内希少野生動植物種の一部は次の二つとして指定される。
(a)特定第一種国内希少野生動植物種：商業的に個体を繁殖させることができる種。事業者は事前に「特定国内種事業」として届出をすることで、個体の譲渡し等を行うことが可能。
(b)特定第二種国内希少野生動植物種：販売・頒布目的での捕獲・譲渡し等、陳列・広告、輸出が原則禁止。調査研究、環境教育等の目的での捕獲・譲渡し等は可能。
(2)国際希少野生動植物種：ワシントン条約（絶滅のおそれのある野生動植物の種の国際取引に関する条約）附属書Ⅰ掲載種、および二国間渡り鳥等保護条約（日米、日露）・協定（日豪、日中）に基づき相手国から絶滅のおそれのある鳥類として通報のあった種の譲渡し等、販売・頒布目的の陳列・広告は原則として禁止。例外として、環境大臣の登録を受けた個体等の譲渡し等、また、べっこうについては「特定国際種事業」として届出をした事業者、象牙（ぞうげ）については「特別国際種事業」として登録を受けた事業者による譲渡し等が可能。
(3)緊急指定種：上記の希少野生動植物種以外で、新種として発見された場合、絶滅とされていた種が再発見された場合などに、とくにその保存を緊急に図る必要があると認められる種について、3年間を上限として指定される。生きている個体の捕獲・採取、殺傷・損傷、個体等の譲渡し等、陳列等が禁止。