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国の行政機関が作成する統計のうち、統計法（平成19年法律第53号）に基づき総務大臣が指定するとくに重要な統計。この基幹統計を中心として公的統計の体系的整備が図られている。
基幹統計には、一般統計にはない以下の規定が定められている。
①報告義務 基幹統計調査に対する正確な報告を法的に確保するため、基幹統計調査の報告（回答）を求められた者が、報告を拒んだり虚偽の報告をしたりすることを禁止しており、これらに違反した者に対して、50万円以下の罰金が定められている。
②かたり調査の禁止 調査される人の情報を保護するとともに、公的統計制度に対する信用を確保するため、基幹統計調査について、その調査と紛らわしい表示や説明をして情報を得る行為（いわゆる「かたり調査」）を禁止しており、これに違反した者に対して、未遂も含めて2年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金が定められている。
③地方公共団体による事務の実施 基幹統計調査は、全数調査や大規模な標本調査として行われることが少なくなく、国の職員だけで、限られた期間内に調査を円滑に終えることは困難である。調査を円滑かつ効率的に実施するため、調査事務の一部を法定受託事務として、地方公共団体が行えることとなっている。地方公共団体が行う事務の具体的な内容は、個々の基幹統計調査ごとに、政令（国勢調査令、人口動態調査令、統計法施行令）で定められている。なお、調査に要する経費は、国が全額支出する。
2025年（令和7）1月時点で、基幹統計に指定されているのは以下の54統計である。
〔内閣府〕国民経済計算
〔総務省〕国勢統計、住宅・土地統計、労働力統計、小売物価統計、家計統計、個人企業経済統計、科学技術研究統計、地方公務員給与実態統計、就業構造基本統計、全国家計構造統計、社会生活基本統計、サービス産業動態統計、経済構造統計、産業連関表、人口推計
〔財務省〕法人企業統計
〔国税庁〕民間給与実態統計
〔文部科学省〕学校基本統計、学校保健統計、学校教員統計、社会教育統計
〔厚生労働省〕人口動態統計、毎月勤労統計、薬事工業生産動態統計、医療施設統計、患者統計、賃金構造基本統計、国民生活基礎統計、生命表、社会保障費用統計
〔農林水産省〕農林業構造統計、牛乳乳製品統計、作物統計、海面漁業生産統計、漁業構造統計、木材統計、農業経営統計
〔経済産業省〕経済産業省生産動態統計、ガス事業生産動態統計、石油製品需給動態統計、商業動態統計、経済産業省特定業種石油等消費統計、経済産業省企業活動基本統計、鉱工業指数
〔国土交通省〕港湾統計、造船造機統計、建築着工統計、鉄道車両等生産動態統計、建設工事統計、船員労働統計、自動車輸送統計、内航船舶輸送統計、法人土地・建物基本統計