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漁業法に基づいて、漁業調整等（水産資源の保存や管理あるいはその再生産の阻害の防止、または漁場紛争の防止のために必要な調整等）を目的として自由に漁業を営むことを一般に禁止している漁業について、特定の者に漁船規模、漁場、漁期、漁具、漁法等の制限措置の下で漁獲を行えるようにしたもの。許可漁業は「警察許可」の一種と解され、権利性を有する免許漁業（漁業権漁業）制度とは性質を異にする。通常の沖合・遠洋漁業がこれにあたる。許可漁業には大別して農林水産大臣によるもの（大臣許可）と都道府県知事によるもの（知事許可）とがある。この許可漁業制度は、2018年（平成30）12月の漁業法改正（2020年12月施行）により体系的な見直しが行われた。なお、この改正により、大臣許可においては、漁業種類を政令で定める指定漁業制度が廃止され、大臣許可漁業とすべき漁業の要件を政令で定め、これを満たす漁業種類を農林水産省令で定める方法に改められた。
大臣許可漁業は漁場の区域が複数県にまたがったり、政府間の取決めが存在したりする場合において、漁業者やその使用する漁船について省令等により農林水産大臣が統一した制限措置を講ずることが妥当と判断される業種である。大臣は新規の許認可については許可等をすべき漁船数、その総トン数、操業区域、漁期、漁具の種類等の制限措置を定め、申請期間とともにあらかじめ公示する。大臣許可漁業の許可の有効期間は原則5年とされている。上記の漁業法改正以後、従来の5年ごとの一斉更新制度は廃止され、既存の許可漁業者は適格性を失わない限り継続して許可を受けられることとなり、新規の許可については資源状況や廃業等の見合いで随時行われることとなった。許可を受けた漁業者は漁獲実績、資源管理状況等の報告義務があり、また衛星船位測定送信機（VMS：Vessel Monitoring System）の設置が求められる。今後、現行総漁獲可能量（TAC：Total Allowable Catch）管理の下で、漁獲割当て（IQ：Individual Quota）制度が導入される場合においては、漁船の総トン数制限を設けない方針を水産庁は打ち出している。
2021年（令和3）1月時点で、大臣許可漁業として以下の17業種が指定されている。(1)沖合底引網漁業、(2)以西底引網漁業、(3)遠洋底引網漁業、(4)東シナ海延縄（はえなわ）漁業、(5)太平洋底刺網（さしあみ）等漁業、(6)大西洋等延縄等漁業、(7)大中型巻網漁業、(8)基地式捕鯨業、(9)母船式捕鯨業、(10)カジキ等流し網漁業、(11)東シナ海等カジキ等流し網漁業、(12)カツオ・マグロ漁業、(13)中型サケ・マス流し網漁業、(14)北太平洋サンマ漁業、(15)ズワイガニ漁業、(16)日本海ベニズワイガニ漁業、(17)イカ釣り漁業。
なお、小規模漁業ではあるが資源管理状況の把握や国際的漁業管理等が求められる小型スルメイカ釣り漁業、沿岸マグロ延縄漁業、暫定措置水域沿岸漁業等については農林水産大臣への届出が必要な業種とされる（届出漁業）。
知事許可漁業は、大臣許可以外のローカルな近海・沖合での許可漁業をさすが、これはまた漁業調整上大きく2種類の措置に区分される。一つは農林水産大臣が設定する隻数制限等の枠内で都道府県知事の許可を受ける中型巻網漁業、小型機船底引網漁業、瀬戸内海機船船引網漁業、小型サケ・マス流し網漁業等の業種であるが、これらは中小型漁船ながら広域的な操業実態があり、大臣が使用漁船等の制限措置を講じるものである。知事はこの枠内で必要な規制を行う。もう一つは、一般の知事許可漁業で地域的な網漁業、延縄・釣漁業、カゴ漁業、突きん棒等々、地元漁場を中心とした漁業で、非常に雑多で表記も呼称もまちまちである場合が多い。各知事は基本的に漁業調整規則を定め、これにのっとり漁船、漁具、漁法、採捕資源の制限や禁止、あるいは漁業者の数や資格制限、沿岸漁業との調整等さまざまな規制を行っている。また、地元の海区漁業調整委員会の意見を聞いたうえで許可行政を行っている。このほか都道府県には漁業調整委員会が独自に漁業の禁止や制限等を定めうる「委員会指示」等、知事許可に準ずる制度もある。