米粉でつくった指頭ほどの団子を竹串に並べて刺し、甘みのある醤油の葛餡（くずあん）で絡める和菓子である。漢字で御手洗団子と書く。

　御手洗（みたらし）とは、神社を参拝した際に手や口をすすぐためのところ、という意味である。下鴨（賀茂御祖、かもみおや）神社（左京区）には御手洗社という社があって、社の下からは清水が湧き出すので、社の前は御手洗池と呼ばれる池になっている。土用の丑の日には、この神池の冷水に足をつけ、心身を清めて無病息災を祈願する例祭「足つけ神事」が行なわれる。毎年土用になると、御手洗池に本当に冷たい水が膝上ほどに満ちてくるのは、京都七不思議の一つである。

　「みたらしだんご」はこの池から発祥したといわれている。鎌倉末期から南北朝時代に親政を成就させた後醍醐天皇（在位1318～1339年）が池で水をすくったとき、水底から水玉が一つ、少し間をおいて、四つの水玉が浮かび上がってきたという。この逸話を模し、五つの団子を竹串に刺して焼き、醤油のたれにつけたというのが「みたらしだんご」の発祥説である。本来の「みたらしだんご」は、串に刺した一個目の団子がやや大きく、二個目以降は少し間を開けて四個を並べて刺してある。これは一個目が人の頭部を表し、残りが四肢を表しているからで、かつては厄除けの人形（ひとがた）であったとも伝わっている。昔は氏子の家でつくられていたお供えのための神饌（しんせん）であった。

　それが後に、境内の茶店で醤油のつけ焼き団子が売られるようになった。現在、「みたらしだんご」の門前茶屋として知られる「加茂みたらし茶屋」は、独自に甘めのみたらしだれを考案し、1922（大正11）年から営まれている。また、北野天満宮（上京区）の七夕祭も御手洗祭と呼ばれており、以前は社殿付近の茶店で「みたらしだんご」が売られていたそうだ。