本辞典に収録する項目は、日本歴史の全領域を網羅し、さらに広く考古学・人類学・民族学・民俗学・国語学・国文学などの隣接諸分野にも及んだ。また、主要な典籍・古文書・記録や、書誌学・古文書学・史料学、史学史関係の項目も多数採取して、研究の便を図った。

一つの項目で、別の呼称や読みのある場合は、適宜その一つを選んで見出しを立て、他は必要に応じカラ見出しとし、その項目を指示した。

関連項目は、適宜その一つを選んで見出しを立て、まとめて記述した場合もある。また、総括的概観ができるよう、主題項目の中に中見出しを立てて記述する方法も用いた。

1. 現代かなづかいによる「ひらがな」書きとした。
2. 外国語・外来語は「カタカナ」書きとし、「ヴ」は使用せず、長音は長音符号（ー）を用いた。ただし、中国・朝鮮の人名や地名で、日本の漢字音によるものは「ひらがな」書きとした。
3. 欧米人名は、ファミリー=ネームをかな見出しとした。

1. 日本読みのものは、漢字と「ひらがな」を用いた。
2. 外国語は原語の綴りを用いた。ただし、ギリシャ語・ロシア語などは、ローマ字に置きかえたものを用いた。
3. 日本語と外国語を合成したものは、外国語の部分を「カタカナ」書きとした。
4. 外来語で漢字表記が慣用されているものは、漢字を用いた。
5. 欧米人名は、パーソナル=ネーム、ファミリー=ネームの順のフルネームとし、爵位も付記した。
6. 中国・朝鮮以外の国名は通称に従い、英語の綴りを本見出しとした。政体名を付ける場合は「カタカナ」・漢字まじりとし、英語の綴りを付記した。
7. 中国・朝鮮の地名および近代の人名は、本見出しの後に、必要に応じ原語音のローマ字綴り（中国はウェード方式、朝鮮はマッキューン=ライシャワー方式）を付記した。

1. 検索結果一覧画面では、《かな見出し【本見出し】》の形式で表示した。
2. 項目表示画面では、原綴（または英語の綴り）が「本見出し」となる欧米人名（アダムス【William Adams】、ボアソナード【Gustave Emil Boissonade de Fontarabie】ほか）、外国語(アクセント【Accent】、ダダイズム【Dadaism】ほか)、朝鮮・中国以外の国名（ドイツ【Germany】、ブラジル【Brazil】ほか）などについては、「かな見出し」部分を他の一般的な項目における「本見出し」と同様に大きく表示し、「本見出し」にあたる原綴（または英語の綴り）部分は、他の一般的な項目における「かな見出し」と同様に小さく表示した。なお「かな見出し」と「本見出し」が全く一致する項目（「ウンスンカルタ」「なまはげ」ほか）では、かな見出しを省略して表示した。

WEB化にあたって、一部の項目を改訂した。改訂した項目は、その末尾に更新の年・月を《平成×年×月》の形式で執筆者名の後に明示した。それ以外の項目は、原則として改訂は行わず、地名、会社名、機関名等も書籍刊行時の名称をそのまま使用した。なお、書籍各巻の刊行年月日は下記のとおりである。