伏見山（桃山丘陵）に豊臣秀吉によって築かれた城。関ヶ原の合戦に伴う東軍と西軍の攻防戦で被害を受けた後、徳川家康の手で大規模な修築復興がなされたが、元和九年（一六二三）廃城になった。なお秀吉は、慶長三年（一五九八）八月一八日伏見城で没している。

秀吉は天正二〇年（一五九二）、伏見に隠居屋敷を建設することを決めたようで、「兼見卿記」によれば同年八月二〇日屋敷普請の縄打ちを命じている。同年一〇月には早くも石垣などが築かれ、隠居城が姿をみせ始めていた（多聞院日記）。同年一二月一一日付の前田玄以宛秀吉書状（保坂潤治氏所蔵文書）によれば、伏見屋敷の普請に関して地震に気をつけるべきことと、作事は「りきう(利休)にこのませ候て、ねんごろに申つけたく候」と、利休好みにするよう配慮せよと命じていることが知られる。翌文禄二年（一五九三）閏九月、秀吉は伏見屋敷に移徙しており、縄打ちを命じてから、ほぼ一年で一応の完成をみたようである。この伏見屋敷の位置については明らかではないが、宇治川に近い伏見山南西麓の指月（しげつ）の森辺りではなかったかと推測される。

秀吉は文禄二年の暮れには、この伏見屋敷を造替し、壮大な城郭にすべく決意したようで、文禄三年正月三日には造営奉行衆が任命されている（当代記・太閤記）。なぜ、完成して間もない隠居屋敷を、新たな城郭に造替するに至ったかについては、折からの朝鮮講和使節を迎えるにふさわしい舞台作りや、秀吉の権力を誇示する施設を得んと思いたったことなどが、その理由にあげられている。

「慶長年中卜斎記」は、「文禄三年、秀吉公山城国伏見指月を、仮初のことくに城を構へ、日を追つて次第に結構に石垣御殿天守出来」「東国北国西国の大名皆々伏見へ移り家作り夥し」と記し、指月の屋敷をそのままなしくずし的に拡大する形で城郭が構営されたとする。しかし、「太閤記」によれば、六人の造営奉行任命につづいて、諸国の大名に二五万人の人夫動員と、文禄三年二月朔日の伏見必着を令しているところからみて、大規模な工事であり、当然城郭の位置も、指月から伏見山一帯にまで広げられ、かつ迅速に進められたとみられる。「太閤記」は「年月も累り来て、石垣二重三重出来ければ、はや御台所長屋など立て、作事此彼に急なり。山下の河辺に二十丈に山を築上げ、諸木を植ならべ、枝を争ひ深山のごとし。松柏生茂りし中に、堂塔伽藍を立並べ、学問所と号し、古今すきの御講尺あり」と記している。この「太閤記」の記述に、家康再建後の伏見城との混同がないとはいいきれないが、「駒井日記」などによってみても、淀城の天守・矢倉を移し、また、各地から名木名石などを収集しているから、相当立派な城郭となっていたことは確かである。指月の屋敷を拡大する形で築造された城郭を指月の城とよぶが、「慶長年中卜斎記」に「文禄三年、伏見向島に城を御取立、指月の城より川を掛てと仰出され候」と記されるように向島（むかいじま）にも出城が築かれている（→向島城跡）。

文禄五年閏七月一三日、京畿大地震によって、指月の城は倒壊し、城下町も崩壊した。明使を迎えて、秀吉との謁見の準備が進められている最中のできごとであった。早速伏見城の再建が命じられ、場所も指月を中心とした地域から伏見山の山上一帯に移されて、工事が着手されている。その状況を「伊達秘鑑」は「大小名組々ヲ分ケラレ、普請ノ場所ヲ分定メテ、当年極月二十日限り惣成就、御移徙アルヘキ旨仰出サレケレハ、夜ヲ日ニ転シ、松明灯シ連レ、石ヲ転シ土ヲ荷ヒ、行通フ人歩万身ヲ労シ、手工万匠斧鐺遠近ニ谺ス」と伝える。同年一〇月には本丸の普請が完成、翌慶長二年正月からは新たな普請も開始され、五月には壮麗な再興の天守や各殿舎もほぼ完成し、一〇月には御舟入御殿や学問所、茶亭なども竣工した（義演准后日記）。

本丸の位置は、現明治天皇陵の北端を一部含んだ山上で、天守台が本丸の西北隅寄りにあった。西の丸ともよばれる二の丸御殿は本丸の西で現桃山町二の丸の東北部にあり、松の丸は本丸の東北部、名護屋丸が本丸の東南部に位置していた。以上の本丸・二の丸・松の丸・名護屋丸が伏見城の中心部で、これらを取巻くように一段低いところに、増田丸・三の丸・治部少丸・徳善丸・大蔵丸・弾正丸・山里丸などが配されていた。増田丸は本丸の南で明治天皇陵の南、二の丸の南は三の丸で西に治部少丸があり、治部少丸の北には今も残る治部池があった。二の丸の北には堀を隔てて徳善丸と大蔵丸があり、松の丸の北には同じく堀を隔てて弾正丸があった。名護屋丸の東には、岡紅雪にちなんで名付けられた紅雪堀があり、名護屋丸の南にあたる現昭憲皇太后陵の南部には山里丸があった。山里丸の東南に学問所、そのすぐ崖下に大きな船入がつくられていた（以上、豊公伏見城ノ図ほかによる）。また、山上には特殊な工法を使ってつくられた多くの内堀があり、当時から有名だったようである。

伏見城は関ヶ原の合戦に伴う東軍と西軍の攻防戦で、二の丸・松の丸などが炎上し、相当に破壊された。その後、徳川氏の手で大規模な修築復興が行われ、徳川家康・秀忠とつづいて将軍宣下式が取行われるなど、一時は華やかな舞台となったが、元和五年（一六一九）、伏見廃城が江戸幕府で決定された。元和九年の三代将軍家光の将軍拝任式を最後に取壊され、諸殿舎は各地に引取られ分散していった。

城郭内部の構造や装飾については、詳細が明らかでないが、伏見城遺構と伝える都久夫須麻（つくぶすま）神社本殿（現滋賀県東浅井郡びわ町）、高台（こうだい）寺（現東山区）の傘亭と時雨亭、御香宮神社や三宝院や豊国（とよくに）神社（現東山区）の唐門などにその華麗な建築をしのぶことができる。

伏見城跡の本格的な発掘調査は、昭和五〇年（一九七五）から開始され、現在までに豊後橋（観月橋）北詰をはじめ十数回にわたり実施されている。その結果、元和九年に解体されたとされる城の石垣の基底部が数ヵ所発見された。特に昭和五三年に発見された東桃山の石垣は、全長一〇〇メートルに及び、その内延長四〇メートルについて詳細な調査が行われた。この石垣は伏見城の東辺に築かれたもので、天守閣跡地から約五〇〇メートルの距離にある。石材はすべて花崗岩であり、石の縁辺には原石から分割した跡である「矢」が連なっている。石垣は二段ないし三段が残されており、それより上は廃城のとき持去られたものと思われる。

伏見城跡で発見される遺物には、陶磁器のほかに各種の瓦がある。中世以前の瓦は、平瓦・丸瓦・軒丸瓦・軒平瓦・鬼瓦に限られていたが、近世城郭建築の発達に伴う輪違・青海波・鯱瓦などの新しい形の瓦が多数発見されている。また金箔瓦は、安土城（跡地は現滋賀県蒲生郡安土町）・旧二条城・聚楽第（以上、跡地は現上京区）における使用をうけて大量に使用されており、伏見城を豪華に荘厳にした様相がうかがわれる。