本大系はたとえば次のようなさまざまな歴史地名を収載して解説する。
【自然】
山・峰・丘・台・峠・坂・平・川・谷・沢・滝・淵・瀬・河原・湖・沼・泉・清水・井戸・野・原・平野・森・林・狩場・漁場・島・瀬戸・岬・浦・浜・磯・入江・湾・灘・潟・岩・石・洞穴
【遺跡】
先土器(旧石器)・縄文・弥生・古墳・陵墓・墓所(墓碑)・塚・離宮・官公庁・城・塁・古戦場・館・邸・屋敷・重要人物の生家・陣営・刑場
【交通と産業】
道・駅・関・宿・御茶屋・津・泊・湊・港・橋・渡し・堀・溝・用水・堰・堤・溜池・貯水池・市・屯倉・御厨・牧・御園・庄園・郷・保・名・新田・開拓地・鉱山・遊里
【文化】
寺・社・霊場・祭場・札所・御旅所・庭園・堂塔・庵・学堂
これらのうち、自然地名や神社・寺院等で現在の呼称と古名が異なる場合は、原則として現在名で立項した。これらは跡地を含め、まず現在地の比定、名称の異記・別名・古名・通称等に触れ、続いて各々に応じて歴史的文化的事象を記述した。